L’agriculture présente un énorme potentiel pour la croissance africaine. Mais, elle est basée principalement sur des cultures pluviales, produites à 80% par des petits exploitants ayant recours aux seuls intrants organiques comme mode de fertilisation. Elle est aussi très vulnérable aux facteurs climatiques. Les microorganismes du sol sont les principaux acteurs de la minéralisation des matières organiques et du recyclage des nutriments. Ils représentent un réservoir énorme de diversité (1 million d'espèces bactériennes et fongiques) et chaque espèce est responsable d’au moins une étape de transformation de cette matière organique. Le maintien de la biodiversité microbienne est donc primordial pour que le sol assure les services écosystémiques de production primaire, recyclage des nutriments et séquestration du carbone.